Самым главным инструментов для меня является PhpStorm от JetBrains:

Для работы с MySQL использую Sequel Pro:

Для быстрых правок пользуюсь Sublime 2:

Monosnap для создания и шаринга скринов:

Пробовал разые FTP клиенты, остановился на ForkLift:

nvAlt – удобный блокнот с поиском заметок:

А еще VirtualBox, TrueCrypt для хранение паролей, DropBox.